اولین ساختمان موزه متشکل از فضای کوچکی بود که در مکان فعلی ورودی خواهران به حرم مطهر برپا گردید.در سالهای پس از انقلاب اسلامی و اهتمام بر حفظ و صیانت از آثار ارزشمند تاریخی ، تبدیل چند اتاق به محوطه سالن مانند در ضلع شمالی صحن شریف برخی از اشیاء موزه به نمایش گذاشته شود.

ابراز ارادت محبین آن حضرت و اهداء آثار به موزه موجب گردید تعداد آثار ارزشمند فزونی یابد و در سال 1372 ه.ش ساختمان کنونی موزه حرم مطهردر ضلع جنوبی احداث و مورد بهره برداری قرار گیرد.

باتوجه  به حجم آثار اهدایی و رشد روزافزون بازدید کنندگان و همچنین استقبال علاقه مندان از موزه حرم مطهر حضرت شاهچراغ (ع) طرح فاز دوم توسعه در دستور کار قرار گرفته و مجموعه های اختصاصی جهت نمایش آثار پیش بینی گردیده است.

موزه آستان مقدس حضرت شاهچراغ(ع) با توجه به آثار و منابع موجود در آن که  مربوط به ادوار مختلف پیش از تاریخی تا دوران معاصر است، یکی از فاخرترین موزه های جنوب کشور محسوب می گردد . اشیاء موجود در این مجموعه بالغ بر هشت هزار شی و بیش از سه هزار نسخه خطی و سند قدیمی را شامل می شود که پس از طی مراحل تخصصی به صورت گردشی در معرض نمایش قرار می گیرد.

شیراز، ضلع جنوبی صحن حرم مطهر حضرت احمد بن موسی شاهچراغ (ع)